和歌山港湾事務所は、南海電鉄の和歌山港駅から道一本へだてた所にあります。
昭和8年の内務省紀ノ川改修事務所が始まりであり、現在の県民文化会館の場所に事務所があったこともありました。事業として和歌山県内の港を管轄しており、国際拠点港湾である和歌山下津港と、重要港湾である日高港の整備を重点的に取り組んでいます。また、紀伊水道の環境保全として浮遊ごみ・浮遊油の回収もおこなっております。

和歌山下津港は、和歌山北港区、和歌山本港区、和歌浦海南港区、下津港区、有田港区の5港区により成り立っています。 和歌山北港区では、公共埠頭と供に関西電力和歌山発電所の燃料を搬入する専用施設の静穏度を確保するため、エネルギー港湾として整備を進めています。

また、古くから木材港として発展してきた和歌山本港区では、船舶の大型化への対応のため、平成6年度に3万トン級の外貿埠頭が、平成11年度にはコンテナ貨物等に対応するための4万トン級の外貿埠頭が完成しました。現在では、韓国釜山港との外貿定期コンテナ航路および神戸港との国際フィーダー航路が就航しており、地域経済を支える物流拠点として活躍しています。

和歌浦海南港区では、主にリゾートゾーンとして整備が進められており、和歌山マリーナシティの親水性防波堤は、観光客や近隣市民の憩いの場となっています。 また、有田港区と下津港区は、石油港湾として発展し、多くの石油関連企業が立地しています。

日高港は、和歌山県のほぼ中央にある日高川河口に位置し、塩屋地区、塩屋名田沖地区、浜ノ瀬地区、名田地区、西川地区の5港区から成り立っています。直轄事業としては、塩屋地区において船舶の大型化に対応した3万トン級の外貿埠頭を平成11年度に着工し、平成１６年度から暫定供用が開始され、紀中地域の発展の核として大きな期待が寄せられています。