事務所のあゆみ
| 元号 | 月日 | できごと |
| 明治 | 39年 | 大蔵大臣官房臨時建築課神戸出張所開設 |
| 大正 | 8年 | 内務省神戸土木出張所 |
| 昭和 | 9年 | 内務省神戸土木出張所神戸港修築事務所設置 |
| 18年 | 内務省神戸土木出張所神戸港工事事務所に名称変更 運輸通信省第三港湾建設部神戸港工事事務所設置 |
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| 20年 | 運輸省第三港湾建設部神戸港工事事務所と改称 | |
| 24年 | 神戸港工事事務所事務棟新築 （平成7年阪神・淡路大震災で被災、同年3月解体）  |
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| 27年 | 運輸省第三港湾建設局神戸港工事事務所と改称 | |
| 28年 | 運輸省第三港湾建設局尼崎港工事事務所設置 | |
| 40年 | 神戸港工事事務所技術棟新築（平成12年7月解体） |
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| 57年 | 運輸省第三港湾建設局尼崎港工事事務所廃止 運輸省第三港湾建設局神戸港湾工事事務所 尼崎事務所設置 |
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| 61年 | 第三工事課（大阪分室）の設置 | |
| 平成 | 7年 | 神戸港工事事務所に災害対策本部設置 第三港湾建設局震災復興建設部設置 運輸省第三港湾建設局神戸港湾震災復興事務所を設置 |
| 9年 | 大阪分室を大阪港湾空港工事事務所に移管 | |
| 12年 | 現庁舎新築 |
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| 13年 | 省庁再編により、国土交通省近畿地方整備局神戸港湾工事事務所と改称 | |
| 15年 | 国土交通省近畿地方整備局神戸港湾事務所と改称 | |
| 16年 | 国土交通省近畿地方整備局神戸港湾事務所尼崎事務所廃止 神戸築港資料館「ピアしっくす」開館（平成18年リニューアル） |
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| 19年 | 海面清掃兼油回収船「紀淡丸」退役 海面清掃兼油回収船「Dr.海洋」就航 |
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| 25年 | 海面清掃兼油回収船「いこま」退役 海面清掃兼油回収船「クリーンはりま」就航 |
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